1966. július 20-án rutinmunka folyt a Belügyminisztérium III/1-es vizsgálati osztályán. Dr. Deák József rendőr alezredes, az osztály vezetője és Baranyai György rendőr ezredes, a III-as főcsoportfőnök helyettese, egyben a III/III-asok csoportfőnöke „realizálási javaslatot” terjesztett fel Rácz Sándor állambiztonsági miniszterhelyettesnek és főcsoportfőnöknek. Ezzel megkezdődött a nyílt nyomozás a későbbi második KIE-per leendő vádlottjai, az egyesület egykori tagjai, dr. Batiz Dénes és társai ellen, akiket hosszabb időn át tartó titkos megfigyelést követően összeesküvésre irányuló előkészülettel gyanúsított meg a III/III-as csoportfőnökség belső reakciót elhárító osztályának protestáns egyházakkal megbízott alosztálya. Egy év múlva, 1967 augusztusában sor került Batiz Dénes és négy társa letartóztatására.